Época colonial (1540-1821)

La conquista del territorio significó el fin de una época de poblamiento indígena que había durado varios milenios. Después de miles de años de aislamiento, el territorio fue incorporado por la fuerza al Imperio español y convertido en colonia. El Imperio determinó que el territorio que hoy ocupa El Salvador formara parte de la Capitanía General de Guatemala, la cual dependía administrativamente del virrey de la Nueva España. La población nativa sobreviviente, diezmada por las guerras de conquista y por las nuevas enfermedades provenientes de Europa, pasaron a ser "indios" y su trabajo sería servir a sus conquistadores.

Consolidación del dominio español (1540 - 1760)

En los años que siguieron a la conquista, los españoles introdujeron animales y cultivos europeos en el territorio de El Salvador. Hubo un gran esfuerzo para inculcar la cultura y la religión de los conquistadores a los indígenas. Las órdenes religiosas, en especial los franciscanos y dominicos, colaboraron con el Imperio español en el proceso de evangelización. Se estableció el sistema de la encomienda, para controlar a la población nativa. Este sistema fue la recompensa que recibió cada conquistador por su servicio a la Corona.

La encomienda consistía en la asignación de un número específico de indígenas adultos, quiénes debían pagarle al encomendero, un tributo en productos o trabajo. Este sistema se prestó para muchos abusos en contra de los aborígenes. La esclavitud de los nativos fue expresamente prohibida en 1542, por las Leyes Nuevas. La Corona española estableció la caducidad de las encomiendas, generalmente después de un período de dos vidas, (es decir, después de la muerte de la primera generación de descendientes del encomendero), pasando los indígenas a pagar un tributo directo al Rey. Para el año de 1550 había un total de 168 pueblos (los cuales tenían una población total de 17,500 personas) repartidas entre los españoles con el sistema de la encomienda.

Economía de la colonia

Como el territorio salvadoreño carecía de riquezas minerales importantes, la agricultura se transformó en la base de las actividades económicas. Entre 1550 y 1600, las dos actividades principales fueron el cultivo del cacao, realizado principalmente en la región de Izalco en el actual departamento de Sonsonate; y la extracción de la resina del árbol de bálsamo en la región costera. En el siglo XVII, la siembra del cacao decayó, y fue sustituido por el cultivo del jiquilite, la planta que sirve de base para la elaboración del colorante del añil.

Mestizaje y estratificación social

Durante el período colonial, se produjo un proceso de mestizaje entre indígenas, negros y españoles. Para el momento de la Independencia, los mestizos constituían la mayor parte de la población del territorio.

La sociedad colonial salvadoreña estaba fuertemente segmentada. Por un lado, existía toda una codificación acerca de las relaciones entre los grupos étnicos. Existía el concepto que la posición que una persona ocupaba en la escala social, debía estar de acuerdo con una supuesta mezcla de sangres. Mientras más sangre española, mejor posición, por ello los españoles peninsulares ocupaban las posiciones de privilegio, en especial los puestos más altos del gobierno colonial.

La convivencia entre los diferentes grupos étnicos no fue del todo pacífica, muestra de ello es la rebelión de esclavos africanos acaecida en la Alcaldía Mayor de San Salvador entre noviembre y diciembre de 1624 cuando se desempeñaba como alcalde mayor Pedro Aguilar Lazo de la Vega, la sofocación de la rebelión estuvó a cargo del capitán Juan Ruiz de Villela, el cual logró con éxito su cometido con un ejército conformado por contingentes de indígenas y soldados ladinos; los rebeldes capturados serían ejecutados en San Salvador en 1625.

Incursiones piratas

Durante la época colonial ocurrieron tres incursiones de piratas en el actual territorio salvadoreño: el primero fue Sir Francis Drake el cual incursionó en dos ocasiones en territorio salvadoreño (primeramente a inicios de abril de 1579 en el Golfo de Fonseca y posteriormente en 1586 en el puerto de Acajutla), el segundo fue el inglésThomas Cavendish el cual ancló en el Golfo de Fonseca en julio de 1587, finalmente la tercera incursión de piratas en territorio salvadoreño fue la de un equipo francés liderado por Eduardo Davis, Tomas Eatan y William Dampier los cuales anclaron en el Golfo de Fonseca en julio de 1684 y saqueron el pueblo de Santa María deMeanguera provocando el despoblamiento del Golfo.

Organización territorial en los primeros dos siglos de la colonia

La Nueva España (1535-1821) era el virreinato español que se extendía desde el Oeste de los Estados Unidos hasta Costa Rica en Centroamérica, teniendo su capital en la Ciudad de México. De este virreinato dependía la Capitanía General de Guatemala (comprendida por los actuales territorios de Guatemala, Costa Rica, El Salvador, Honduras y Nicaragua).

Desde 1540 hasta 1580 el territorio que en el futuro sería El Salvador, estaba dividido de esta forma:

• Alcaldía Mayor de Sonsonate; cubría los actuales departamentos de Sonsonate y Ahuachapán; fue creado en 1540 siendo su primer alcalde Francisco de La Cueva, originalmente su capital estaba en Acajutla hasta 1556 cuando Sonsonate se convirtió en su nueva cápital estando como alcalde mayor en ese momento Alonso de Paz
• Provincia de San Salvador; abarcaba toda la zona central y el Departamento de Santa Ana, su origen se remonta a la fundación de la villa de San Salvador en 1528, sus gobernantes llevaban el título de Justicia Mayor o Teniente de Gobernador, siendo el primero Diego de Alvarado.
• Provincia de San Miguel; se extendía en toda la zona oriental; su origen se remontan a la fundación de la villa de San Miguel en 1530 siendo Luis de Moscoso su primer Justicia Mayor o Teniente de Gobernador.

Desde 1534 cuando Pedro de Alvarado partió hacia Perú, las provincias de San Salvador y San Miguel (esta última sería deshabitada en 1534 debido a que muchos de sus pobladores partieron en el viaje de Pedro de Alvarado hacia la actual Perú, siendo posteriormente refundada por el capitán Cristóbal de la Cueva en 1535) serían gobernadas por sus alcaldes ordinarios.

En 1560 el rey de España Felipe II se dio por enterado de que había un corregidor en Usulután el cual había extendido su jurisdicción a la Provincia de San Miguel y que los alcaldes mayores de Sonsonate se habían añadido la Provincia de San Salvador debido a la falta en ambas de justicia mayor y teniente de gobernador; por tal motivo Felipe II ordenó que tanto San Salvador y San Miguel se siguiesen gobernando por medio de sus alcaldes ordinarios. Posteriormente, en 1575 aparece un corregidor en Tecoluca, este cargo y el de corregidor de Usulután no tuvieron continuidad.

En 1579 se le dio el rango de Alcaldía Mayor a la Provincia de San Salvador y se nombró como Alcalde Mayor interino a Diego Galán, el cual desempeñó ese cargo hasta 1580 cuando se lo entregó a Juan Cisneros de Reynosa (el cual había sido nombrado Alcalde Mayor por el rey Felipe II), este a su vez entregó el mando en 1581a Alonso de Nava. En el mismo año de 1580 se incorporó la Provincia de San Miguel a la de San Salvador, quedando el territorio que conformaría a El Salvador dividido únicamente en la Alcaldía Mayor de Sonsonate (conformado por el territorio antedicho) y la Alcaldía Mayor de San Salvador.

Reformas Borbónicas (1760 - 1808)

En el año de 1700 con la llegada al trono español de Felipe V se inauguró la dinastía de los Borbones. Los reyes pertenecientes a esta nueva familia real, incluyendo Felipe V, implementaron durante el siglo XVII una serie de reformas económicas y administrativas en las colonias. Estas reformas cobraron mayor vigor en 1759 con la coronación de Carlos III y comenzaron a implementarse en toda la Capitanía General de Guatemala desde 1765 con la llegada a Guatemala del capitán general Pedro de Salazar Herrera.

Reformas económicas

Con la implementación de las reformas Borbónicas en el territorio salvadoreño se redujeron los impuestos de alcabala, se mejora el sistema de cobrar impuestos y se establecieron monopolios o estancos; con esto se pretendía que los comerciantes no evadieran los impuestos, lo cual tuvo cierto éxito pero los comerciantes idearon nuevas maneras de evadir los impuestos por los cual las autoridades coloniales debían estar siempre atentas.

El gobierno español con las nuevas reformas redujeron el poder eclesiástico a través de ataques a la propiedad y a los privilegios de la iglesia. Y apoyaron parcialmente a los productores del territorio salvadoreños.

Reformas Administrativas y reorganización del territorio

En 1785 como parte de las reformas llevadas a cabo por la dinastía de los Borbones, se creó la Intendencia de San Salvador (la cual abarcaba el territorio de la Alcaldía Mayor de San Salvador), los intendentes eran seleccionados por sus méritos y su fidelidad al rey; y debían ejercer un control más directo y efectivo que los alcaldes mayores. Siendo seleccionado como primer intendente de San Salvador José Ortiz de la Peña, el cual ejerció ese cargo hasta 1789 cuando fue sustituido por Francisco Luis Héctor de Carondelet.

La Intendencia de San Salvador junto con la Alcaldía Mayor de Sonsonate comprendían el actual territorio de El Salvador. Está Alcaldía Mayor continuaría su existencia hasta poco después de la independencia cuando se uniría a San Salvador. Ambas divisiones administrativas del Imperio español dependían de la Capitanía General de Guatemala y ésta a su vez del Virreinato de Nueva España